In haar onderzoek is Marlies Honingh bezig met vragen op het terrein van maatschappelijke democratie. Meer concreet gaat het dan over sturing, tegenmacht, toezicht, coproductie en burgerschap. Toegespitst op het onderwijs stelt zij in haar onderzoek vragen als: Hoe kan de kwaliteit van toezicht, sturing en gezamenlijke besluitvorming verbeterd worden? Of, hoe kunnen ouders, studenten en leerlingen een betekenisvolle rol hebben als co-producent in het onderwijs?
Vragen als deze markeren de betekenis die het onderwijs heeft in de vorming en socialisatie van leerlingen om te leren handelen in onze democratische rechtsstaat.
Samen met Carolien van Ham en Wim van Meurs heeft zij de onderzoekshotspot sustainable democracy opgezet.